更准的蛋白对接、更强的蛋白生成~MatwingsVenus™（晓鹜™）本周上新！ | 企业新闻 | 资源中心

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我们优化了复杂靶点处理和对接流程，让「蛋白对接」结果更可靠
在「蛋白生成」模块新增 BoltzGen、LigandMPNN、Protenix 三款核心模型
蛋白编号现在可直接展开为「蛋白实体卡片」，查看和追溯都更方便

立即体验： https://matvenus.com/

01 蛋白对接：从“跑通”到“跑得准”

做docking，最怕的不是任务跑不起来，而是结果看起来合理，实际并不可靠。

结构预处理是否正确？

关键配体、金属离子和辅因子是否被合理保留？

结合位点是否具有生物学相关性？

不同类型的靶点/配体是否使用了合适的工作流？

最终pose是否真的能支持后续实验决策？

所以这次，我们重点升级了平台的蛋白对接能力，帮你把那些最容易“踩坑”的环节提前考虑进去：

● 更会处理复杂靶点

针对复杂靶点（尤其是含配体或金属离子的体系），提升设计能力与自动化水平

● 更准的对接起点

优化预处理流程和结合位点预测逻辑，让docking从更有生物学相关性的位置开始

● 更合适的工作流

根据靶点的不同类型（纯蛋白、多肽、小分子、含金属的小分子）分别运行各自定制的工作流。目前模型解析到正确工作流的正确率已达95%以上

简单来说，这次升级解决的不是“能不能跑通”的问题，而是进一步解决：蛋白对接跑得对不对，结果靠不靠谱。

02 蛋白生成：新增三款核心模型

为了进一步提升蛋白生成任务的场景覆盖、候选质量和筛选效率，本次更新新增BoltzGen、LigandMPNN、Protenix三款核心模型：

● BoltzGen：增强全新结合蛋白从头设计能力

通过接入BoltzGen，平台将具备面向多类型生物靶标的binder设计能力，可根据蛋白、肽段、小分子等目标生成蛋白、肽、纳米抗体、环肽等候选结合分子，服务于靶点功能调控、蛋白互作干预、分子识别、诊断探针开发及功能验证工具分子构建等场景。

● LigandMPNN：提升含配体体系设计精度

LigandMPNN侧重于在给定三维结构约束下进行高精度蛋白序列设计，尤其适合包含小分子配体、金属离子、辅因子、核酸或蛋白相互作用界面的体系，可围绕结合口袋和功能位点优化氨基酸序列，以提升结构稳定性、配体识别和功能位点匹配度。

● Protenix：补强通用蛋白设计能力

Protenix可用于预测蛋白、DNA/RNA、小分子配体、离子等多组分体系的三维结构，并进一步解析分子间的结合构象与相互作用界面。相比平台此前已经接入的AlphaFold2、ESMFold，主要解决蛋白序列到蛋白结构的问题，Protenix 更适合处理蛋白-配体、蛋白-核酸、抗原-抗体、蛋白复合物、含离子/辅因子体系等多组分场景。接入后，平台不仅能预测蛋白本身长什么样，还能帮助用户判断不同分子之间如何结合、界面在哪里、构象是否合理、是否适合进入后续设计或实验验证。